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Il corso è articolato in tre anni e prevede seminari, lezioni frontali, esercitazioni, supervisioni individuali e di gruppo ed esperienze di internato clinico in uno dei tre indirizzi (psicoanalisi, terapie sistemico-relazionali e cognitivismo clinico) o di neuropsicologia clinica.
Le attività didattiche saranno tenute da docenti italiani e stranieri, sia in inglese, sia in italiano. Ciascun dottorando dovrà, con l'aiuto del proprio docente supervisore, individuare, sviluppare e portare a compimento un proprio percorso di ricerca connesso a un programma già avviato nel dottorato o autonomo. Molti seminari saranno attinenti al percorso di ricerca individuato dagli studenti e tali da connettere gli argomenti specifici scelti con il dibattito teorico e metodologico attualmente presente nella psicologia clinica e nella psicoterapia.
Le attività sono così distribuite nei tre anni secondo il programma qui di seguito indicato.

Primo anno

Lezioni, esercitazioni, seminari inerenti ai temi del Dottorato.

Supervisioni individuali e di gruppo sull'attività di ricerca dei dottorandi.

Internato clinico di 300 ore in uno dei tre indirizzi psicoterapeutici del Dottorato (sistemico, cognitivista e psicodinamico) o in neuropsicologia clinica presso i centri clinici - pubblici o privati - convenzionati con il Dottorato. La scelta del tipo di internato (psicoterapeutico o neuropsicologico), così come dell'indirizzo psicoterapeutico (sistemico, cognitivista o psicodinamico) è lasciata al dottorando.

Al termine del primo anno i dottorandi dovranno presentare:

1. una relazione su una consultazione psicologica (di orientamento sistemico, cognitivista o psicodinamico) a cui il dottorando avrà assistito o su una diagnosi neuropsicologica argomentata di un caso clinico, a seconda del tirocinio scelto
2. una rassegna di studi che descriva lo stato dell'arte nell'ambito del progetto di ricerca scelto dal dottorando
3. la costruzione del progetto di ricerca che il dottorando intende svolgere (in cui vengano indicate con chiarezza le ipotesi, il metodo e le condizioni di fattibilità).

Secondo anno

Lezioni, esercitazioni, seminari inerenti ai temi del Dottorato.

Supervisioni individuali e di gruppo sull'attività di ricerca dei dottorandi.

Internato clinico di 300 ore in uno dei tre indirizzi psicoterapeutici del Dottorato (sistemico, cognitivista, psicodinamico) o in neuropsicologia clinica presso i centri clinici - pubblici o privati - convenzionati con il Dottorato. Coloro che l'anno precedente abbiano svolto un internato in uno dei tre indirizzi psicoterapeutici del dottorato dovranno effettuarlo in neuropsicologia clinica e viceversa.

Al termine del secondo anno i dottorandi dovranno presentare:

1. una relazione su una consultazione psicologica (di orientamento sistemico, cognitivista o psicodinamico) a cui il dottorando avrà assistito o su una diagnosi neuropsicologica argomentata di un caso clinico a seconda del tirocinio svolto
2. la stesura definitiva del progetto di ricerca con illustrazione dettagliata di strumenti, procedure, raccolta dati e reperimento ei partecipanti
3. lo svolgimento effettivo della ricerca.

Terzo anno

Lezioni, esercitazioni, seminari inerenti ai temi del Dottorato.

Supervisioni individuali e di gruppo sull’attività di ricerca dei dottorandi.

Internato clinico di 300 ore in uno dei tre indirizzi psicoterapeutici del Dottorato (sistemico, cognitivista e psicodinamico) o in neuropsicologia clinica presso i centri clinici - pubblici o privati - convenzionati con il Dottorato. La scelta del tipo di internato (psicoterapeutico o neuropsicologico), così come dell'indirizzo psicoterapeutico (sistemico, cognitivista o psicodinamico) è lasciata al dottorando.

Al termine del terzo anno i dottorandi dovranno presentare:

1. una relazione su una psicoterapia breve o su un percorso di intervento di riabilitazione neuropsicologica, a seconda del tirocinio svolto
2. l'analisi e l'elaborazione statistica dei dati raccolti per la ricerca
3. la stesura della tesi (in inglese).

I dottorandi alla fine di ogni anno devono presentare il lavoro svolto e discuterlo in un seminario con tutti i docenti del Collegio del Dottorato. L'ammissione al secondo anno è subordinata all'approvazione del progetto di ricerca da parte del Collegio.

I dottorandi sono inoltre tenuti, nel corso dei tre anni, a presentare i risultati (anche preliminari) del loro lavoro di ricerca ad almeno un congresso, preferibilmente internazionale, ma anche nazionale, di comprovato valore scientifico e con selezione degli abstract.

La frequenza ai corsi è obbligatoria. Il collegio si riserva di non ammettere all'anno successivo il dottorando che avrà seguito meno dell'80% dell’attività didattica.

L'attività didattica e di ricerca si svolgerà prevalentemente presso l'Università di Bergamo. L'internato potrà svolgersi nelle strutture convenzionate, tra cui figurano il Centro Auxologico Italiano e l'European Institute of Systemic-relational Therapies.

Durante il secondo anno o il terzo, coerentemente con il proprio progetto di ricerca e in accordo con il docente supervisore, è consigliato svolgere almeno tre/sei mesi di formazione e ricerca presso università o centri clinici stranieri.