Gli Organi di ateneo dell'Università degli studi di Bergamo sono i seguenti:

• Senato accademico: esercita tutte le competenze relative alla programmazione e al coordinamento delle attività didattiche e di ricerca dell'ateneo.
• Consiglio di amministrazione: cura la gestione amministrativa, finanziaria e patrimoniale dell'ateneo.
• Collegio dei revisori dei conti: è l'organo cui spetta il controllo sulla regolarità della gestione amministrativa e contabile dell'Ateneo, compresi i centri di spesa.
• Nucleo di valutazione: è l'organo cui compete la valutazione dell'attività amministrativa e didattica e della produttività.
• Comitato pari opportunità: è l'organo che promuove e garantisce le pari opportunità tra le varie componenti dell'Ateneo, impegnandosi a rimuovere le discriminazioni di genere.
• Collegio di disciplina: è l'organo cui compete, su segnalazione del Rettore, la fase istruttoria dei procedimenti disciplinari a carico dei docenti e dei ricercatori dell'Ateneo.
• Consulta degli studenti: è l'organo di rappresentanza degli studenti a livello di ateneo.

• Prof. Virgilio Bernardoni - Prorettore delegato alla Didattica di Ateneo
  La delega è da intendersi quale programmazione, integrazione e armonizzazione delle offerte formative dell'Ateneo, verifica dei percorsi attivati, verifica e mantenimento dei requisiti ministeriali, supporto nelle analisi delle linee di programmazione della presenza dei docenti nei vari settori scientifico-disciplinari e nelle rispettive fasce di appartenenza
• Prof. Giuliano Bernini - Prorettore delegato alle Relazioni internazionali
  La delega è da intendersi quale ricerca, istituzione e sviluppo di rapporti con sedi universitarie e centri di ricerca nazionali e stranieri, al fine di favorire la mobilità, sia in uscita che in ingresso, di studenti e docenti. Da intendersi, altresì, quale promozione di ulteriori basi culturali e di una maggiore integrazione a livello internazionale nella ricerca scientifica e nella didattica
• Prof. Gianpietro Cossali - Prorettore delegato alla Ricerca scientifica di Ateneo
  La delega è da intendersi quale attività di promozione e finanziamento di progetti di ricerca ed efficace integrazione tra la ricerca che si svolge, a vario titolo, nell'Ateneo e di questi con altre sedi universitarie e/o altri centri di ricerca nazionali e stranieri
• Prof. Walter Fornasa - Prorettore delegato per la Responsabilità sociale dell'Università
  La delega è da intendersi come promozione dell'inclusione degli studenti e del personale docente e non docente dell'Ateneo, in tutti gli aspetti della vita universitaria e dell'Università, nelle reti sociali attive nel territorio stesso, ponendo un'attenzione complessiva, anche in termini di garanzia delle pari opportunità, a tutte le condizioni e i fattori di rischio, disagio, discriminazione, minorità. Un particolare aspetto riguarda il tema delle persone diversamente abili per il quale può essere utile, sentito il Rettore, un affiancamento al delegato
• Prof. Giancarlo Maccarini - Prorettore delegato ai Rapporti con il personale tecnico-amministrativo
  La delega è da intendersi quale compito di promozione di efficaci rapporti di lavoro all'interno dell'Ateneo, tra personale tecnico-amministrativo e bibliotecario e tra questo e il corpo docente, improntati alla compartecipazione e alla condivisione delle decisioni al fine di rendere efficaci, nel rispetto dei ruoli di appartenenza, le più favorevoli condizioni di lavoro e il raggiungimento degli obiettivi prefissati
• Prof.ssa Piera Molinelli - Prorettore delegato all'Orientamento universitario di Ateneo
  La delega è da intendersi quale integrazione tra i vari percorsi di orientamento (in ingresso, itinere, uscita) utile al superamento degli insuccessi formativi e alla più efficace conoscenza dell'offerta formativa dell'Ateneo
• Prof. Remo Morzenti Pellegrini - Prorettore delegato ai Rapporti con Enti e Istituzioni pubbliche del territorio
  La delega è da intendersi come compito di istituzione, mantenimento, sviluppo di stretti rapporti tra l'Ateneo e gli Enti preposti, a vario titolo, al governo e alla rappresentanza del territorio e la promozione di processi di rappresentanza formale dell'Ateneo all'esterno
• Prof.ssa Giovanna Vertova - Prorettore delegato alle Pari opportunità
  La delega è da intendersi quale referente sulle tematiche di genere dell'Ateneo; in particolare quelle volte a favorire la realizzazione dell'uguaglianza sostanziale tra uomini e donne nel lavoro, nella didattica e nella ricerca, anche promuovendo l'adozione di misure dirette a rimuovere gli ostacoli che di fatto impediscono l'efficace realizzazione di pari opportunità all'interno dell'Ateneo