Il Centro Studi sul Territorio è stato istituito con Decreto Rettorale del 27 giugno 2001, che ha sancito "l'istituzione del Centro di Ricerca e di Servizio di Ateneo denominato Centro Studi sul Territorio, incaricando il Rettore, nelle more della designazione del Direttore, ad assumere gli atti necessari all'attivazione del Centro".

La Giunta del Centro rimane in carica per la durata di un triennio accademico.

Il Direttore è nominato dal Rettore: questo incarico è stato ricoperto dal Prof. Lelio Pagani, dalla Prof.ssa Juanita Schiavini e oggi dalla Prof.ssa Anna Maria Testaverde.

Nel 2006 il centro è stato intestato al Prof. Lelio Pagani in onore e in ricordo del fondatore.