I corsi di dottorato di ricerca rilasciano titoli accademici attestanti il possesso delle competenze utili per esercitare attività di qualificata ricerca scientifica presso università, enti pubblici o seggetti privati. L'accesso al Dottorato avviene attraverso un concorso per titoli ed esami.

L'Università degli studi di Bergamo ha attivato i seguenti Dottorati di ricerca:

• Dottorato di ricerca in Antropologia ed epistemologia della complessità
  Scuola di dottorato in Antropologia culturale e discipline demoetnoantropologiche
  Sede: Dipartimento di Lettere e Filosofia
  Coordinatore: prof. Enrico Giannetto



• Dottorato di ricerca in Diritto pubblico e tributario nella dimensione europea
  Sede: Dipartimento di Giurisprudenza
  Coordinatore: prof.ssa Barbara Pezzini



• Dottorato di ricerca in Economia e management della tecnologia
  Sede: Dipartimento di Ingegneria
  Coordinatore: prof. Gianmaria Martini



• Dottorato di ricerca in Economia e organizzazione industriale (attivo fino al XXV ciclo)
  Sede: Dipartimento di Scienze economiche
  Coordinatore: prof.ssa Annalisa Cristini



• Scuola di dottorato in Economics, Applied Mathematics and Operational Research
  Sede: Dipartimento di Scienze aziendali, economiche e metodi quantitativi
  Direttore: prof.ssa Marida Bertocchi



• Dottorato di ricerca EMJD - Cultural Studies in Literary Interzones
  Sede: Dipartimento di Lettere e Filosofia
  Coordinatore generale: prof. Didier Girard
  Coordinatore locale: prof.ssa Franca Franchi



• Scuola internazionale di dottorato in Formazione della persona e mercato del lavoro
  Sede: Centro di ateneo per la Qualità dell'insegnamento e dell'apprendimento
  Coordinatore: prof. Giuseppe Bertagna



• Dottorato di ricerca in Letterature euro-americane (attivo fino al XXVI ciclo)
  Sede: Dipartimento di Lingue, letterature straniere e comunicazione
  Coordinatore: prof.ssa Angela Locatelli
  I dottorati Teoria e analisi del testo e Letterature euro-americane costituiscono la Scuola di dottorato in Culture umanistiche e visive



• Dottorato di ricerca in Logistica e Supply Chain Management (attivo fino al XXVI ciclo)
  Sede: Dipartimento di Economia aziendale
  Coordinatore: prof. Angelo Renoldi



• Dottorato di ricerca in Marketing strategico ed economia aziendale
  Sede: Dipartimento di Scienze aziendali, economiche e metodi quantitativi
  Coordinatore: prof. Alberto Marino



• Scuola di dottorato in Meccatronica, informazione, tecnologie innovative e metodi matematici
  Sede: Dipartimento di Ingegneria
  Coordinatore: prof. Riccardo Riva



• Dottorato di ricerca in Metodi computazionali per le previsioni e decisioni economiche e finanziarie (attivo fino al XXV ciclo)
  Sede: Dipartimento di Matematica, statistica, informatica e applicazioni
  Coordinatore: prof.ssa Marida Bertocchi



• Dottorato di ricerca in Psicologia clinica
  Sede: Dipartimento di Scienze umane e sociali
  Coordinatore: prof.ssa Valeria Ugazio



• Dottorato di ricerca in Scienze della cooperazione internazionale "Vittorino Chizzolini"
  Sede: CCI - Centro di ricerca sulla cooperazione internazionale
  Coordinatore: prof. Mauro Mazza



• Dottorato di ricerca in Tecnologie per l'energia e l'ambiente
  Sede: Dipartimento di Ingegneria
  Coordinatore: prof. Marco Savini



• Dottorato di ricerca in Teoria e analisi del testo
  Sede: Dipartimento di Lettere e Filosofia
  Coordinatore: prof.ssa Alessandra Violi
  I dottorati Teoria e analisi del testo e Letterature euro-americane costituiscono la Scuola di dottorato in Culture umanistiche e visive

L'Università degli studi di Bergamo ha attivato il Dottorato di ricerca interateneo con l'Università degli studi di Milano, l'Università degli studi di Brescia e l'Università degli studi di Pavia:

• Dottorato di ricerca in Economics
  Scuola di dottorato interuniversitaria Lombardy Advanced School of Economic Research (LASER)
  Sede: Dipartimento di Scienze aziendali, economiche e metodi quantitativi
  Rappresentante dell'Università degli studi di Bergamo nel Consiglio direttivo della Scuola e del PhD: prof.ssa Maria Rosa Battaggion