Η ένταξη της πόλης στο γεωγραφικό της πλαίσιο Με έκταση 8.331 τ.χ. η Κρήτη είναι το μεγαλύτερο νησί της Ελλάδας και το πέμπτο σε μέγεθος της Μεσογείου. Η καίρια γεωγραφική θέση της στην Ανατολική Μεσόγειο και το εύφορο έδαφος την κατέστησαν κέντρο παραγωγής, επικοινωνίας,  εμπορίου και πολιτισμού στη διάρκεια των χιλιετιών. Το επίμηκες σχήμα της Κρήτης και η κυριαρχία των ορεινών όγκων στην ενδοχώρα ανέδειξαν από πολύ νωρίς τις λίγες κατάλληλες θέσεις ελλιμενισμού στα αφιλόξενα παράλια ως τόπους κατοίκησης που διατήρησαν τη σημασία τους μέχρι σήμερα. Στη θέση των Χανίων, ο σχετικά προστατευμένος κόλπος και η ύπαρξη του φυσικά οχυρού λόφου Καστέλι, ήταν οι λόγοι της πρώτης κατοίκησης κατά τα νεολιθικά χρόνια. Κατά τη μινωική περίοδο, στο λόφο αναπτύσσεται ένας εξαιρετικής σημασίας οικισμός, η Ku-do-ni-ja. Η θέση της στο μέσο μιας πολύ εύφορης περιοχής την ανέδειξε σε τρίτο σε σημασία κέντρο της νήσου κατά την περίοδο αυτή. Η πρώτη οχύρωση του λόφου Καστέλι χρονολογείται από την ελληνιστική περίοδο, ενώ κατά τον 6ο ή 7ο αιώνα (Α’ βυζαντινή περίοδο) ο λόφος οχυρώνεται ξανά με ισχυρό τείχος. Η πόλη διανύει την αραβική και τη Β’ βυζαντινή περίοδο κλεισμένη μέσα στην περιτείχισή της. Τότε εμφανίζεται και το νέο όνομα Χανιά. Με την οριστική κατάληψή από τους Βενετούς το 1252, η πόλη ανοικοδομείται στα όρια της οχύρωσής της. Αποτελεί τη δεύτερη σε σημασία πόλη της Κρήτης και το πρώτο λιμάνι της Ανατολικής Μεσογείου που προσεγγίζουν τα πλοία από τη Βενετία. Για την ασφάλειά του κατασκευάζεται ένα σύστημα μικρότερων οχυρών στους κόλπους των Χανίων και της Σούδας. Στα μέσα του 16ου αιώνα οι Βενετοί κατασκευάζουν νέες οχυρώσεις στις πόλεις και άλλα καίρια σημεία της πολύτιμης αποικίας τους. Από το 1538 τα Χανιά αποκτούν νέο ευρύτερο περίβολο σχεδιασμένο σύμφωνα με τις αρχές του προμαχωνικού συστήματος και καταβάλλεται ιδιαίτερη φροντίδα για την ασφάλεια του λιμανιού. Η πόλη διατηρεί τη σημασία της για την οθωμανική αυτοκρατορία, στην οποία περιέρχεται το 1645, και οι οχυρώσεις διατηρούνται αν και χωρίς φροντίδα. Μετά την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, το 1913, η ανάγκη σύνδεσης της πόλης με τις εκτός τειχών επεκτάσεις της και τους γύρω οικισμούς οδηγεί σε τμηματικές κατεδαφίσεις της περιτείχισης, που δεν εξυπηρετεί πλέον αμυντικές ανάγκες. Η ανάπτυξη του διπλανού λιμανιού της Σούδας μέσα στον 20ο αιώνα μειώνει τη σημασία του λιμανιού της πόλης, που έχει πλέον καθαρά τοπικό χαρακτήρα.