Le premesse strutturali alla nascita dell’Università di Bergamo risalgono al 1961, quando nel centro storico della città viene istituita la Scuola superiore di giornalismo e mezzi audiovisivi, scuola biennale di specializzazione post-laurea diretta dal prof. Mario Apollonio e fondata su iniziativa dell'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano in accordo con il Comune di Bergamo. Collocata nel Palazzo del Podestà sulla Piazza Vecchia, la Scuola si innesta nel tessuto cittadino creando una nuova sensibilità culturale che l’11 dicembre 1968 porterà alla creazione del Libero istituto universitario di Lingue e letterature straniere, sotto la guida del "Consorzio per l'istituzione di facoltà universitarie in Bergamo", di cui fanno parte il Comune, la Provincia e la Camera di commercio, industria, artigianato e agricoltura di Bergamo.

Nasce così l’Università di Bergamo, che fin dalle sue origini si caratterizza per un profondo legame con il territorio e le sue istituzioni, le quali affidano al nuovo Ateneo il compito strategico di esprimere le potenzialità culturali ed economico-sociali del panorama bergamasco, rivitalizzando di conseguenza l’intero contesto cittadino. Essa si pone come un modello all’avanguardia che intende partire dai bisogni locali per aprirsi a realtà nazionali con programmi didattico-scientifici rispondenti alle esigenze della società del periodo. Promotore di questi programmi è il prof. Vittore Branca, rettore dell’Ateneo dal 1968 al 1972, che porta all’attivazione di corsi dedicati alle cinque lingue fondamentali: francese, inglese, spagnolo, russo, tedesco e alla conseguente definizione di un ambiente ricco di scambi internazionali.

Dopo aver potenziato la proposta didattica dell’area umanistica, l’Ateneo raccoglie le istanze del mondo economico-produttivo istituendo nell'a.a. 1974-75, sotto la guida del rettore Serio Galeotti, il corso di laurea in Economia e commercio, che aumenta il numero degli studenti iscritti, irrobustisce il corpo docente e rafforza il dialogo con gli enti amministrativi locali.

Il potenziamento degli studi in campo economico procede regolarmente sotto la guida del rettore prof. Giorgio Szegö fino a portare, nel 1985, alla nascita della Facoltà di Economia e Commercio, che andrà ad affiancare Lingue e Letterature straniere in un’offerta formativa varia, capace di fondere la tradizione umanistica con la dimensione imprenditoriale.

L’inizio degli anni Novanta, con il rettore Pietro Enrico Ferri, è testimone di una svolta fondamentale nell’assetto dell’Università: nel 1991, viene attivata a Dalmine la Facoltà di Ingegneria con il corso di laurea in Ingegneria gestionale, al quale seguirà subito dopo il corso di laurea in Ingegneria meccanica, mentre l’1 novembre 1992, con il nome di Università degli Studi di Bergamo, l'Ateneo diventa un organismo statale, pur mantenendo sempre quel legame con gli enti fondatori che hanno presieduto al suo sviluppo.

Con una proposta formativa ulteriormente articolata, le interazioni con il territorio si amplificano via via, riservando all’Università bergamasca un ruolo di spicco nel contesto regionale lombardo, dove si caratterizza come un Ateneo dinamico e in grado di dare risposte diversificate in termini di preparazione professionale.

Durante il mandato del rettore Alberto Castoldi (1999-2009), l'Università registra incrementi notevoli sia nel numero degli iscritti sia nel numero dei docenti. Vengono istituite la Facoltà di Lettere e Filosofia, con l'inserimento dei nuovi corsi di Psicologia clinica e Scienze dell'Educazione, e la Facoltà di Giurisprudenza (2004). Vengono, inoltre, attivati corsi con profili distintivi come la laurea magistrale in Diritti dell'uomo ed etica della cooperazione internazionale, contestuale all'attivazione della Cattedra Unesco in Diritti dell'Uomo. Una particolare attenzione viene inoltre riservata al terzo livello della formazione con l'attivazione di numerosi dottorati di ricerca e di centri di ricerca di Ateneo, capaci di portare avanti programmi innovativi e di dialogare con le realtà accademiche internazionali.

Il progressivo consolidamento dell’offerta scientifico-didattica dell’Università è testimoniato anche dall’aumento dagli spazi che l’Ateneo occupa nel corso degli anni e che risponde di fatto al suo intento originario di porsi come un’istituzione culturale saldamente intrecciata nel tessuto cittadino. Nel 2001, avviene il trasferimento della Facoltà di Economia da Città Alta a Bergamo Bassa, in via dei Caniana. Con l'insediamento nel complesso di Sant'Agostino e nel vicino ex Collegio Baroni, che costituiscono il nucleo di un nuovo polo umanistico, e il trasferimento di alcuni uffici nella sede di via San Bernardino, l'Ateneo può contare, nel 2009, su una superficie di oltre 40.000 metri quadrati.

Dal 2009 al 2015, con il rettore Stefano Paleari, si avvia una fase di consolidamento delle strutture e di apertura internazionale dell'Ateneo, sia nella didattica sia nell'ambito della ricerca. In controtendenza con il trend nazionale, l'Ateneo vede crescere ulteriormente i suoi studenti fino a quasi 16.000 unità. I professori provenienti da altri Paesi pesano quasi per un terzo nello staff di docenti. Gli spazi subiscono un ulteriore incremento: oltre alla sua presenza nel parco scientifico-tecnologico del Kilometro Rosso, l'Università, grazie a un accordo con il Comune di Bergamo, inaugura la propria Aula magna presso l’ex chiesa trecentesca di Sant’Agostino.

Sotto la guida dell’attuale rettore Remo Morzenti Pellegrini, proseguono le sinergie con le istituzioni locali e il sistema imprenditoriale, con produttive relazioni di scambio in termini di specializzazione, stages e sbocchi occupazionali per gli studenti. Continuano inoltre i progetti di sviluppo dell’Ateneo all’interno della città: si è avviato il recupero dell’ex caserma Montelungo, che diventerà sede di nuovi impianti sportivi (CUS Bergamo), alloggi studenteschi e residenze per i visiting professors, destinati ad aumentare sempre più considerata la crescente intensificazione delle relazioni internazionali e della collaborazione con università e centri di ricerca stranieri.