La Bergamasca è ricca di moltissimi edifici in stile romanico, ma è San Tomè a rappresentarne l'esempio più alto, con caratteri stilistici evoluti, anche se tipici di tutto il romanico. Si tratta di una costruzione a pianta circolare e a struttura piramidale formata da tre volumi cilindrici concentrici sovrapposti e degradanti.
L'insieme di presbiterio e abside restituisce un effetto plastico di grande armonia. Le pareti, incorniciate da una ornatura ad archetti nei primi due volumi della rotonda, e ad archetti intrecciati nell'abside e nel presbiterio, presentano delle finestrelle e delle feritoie che oltre a snellire la struttura ne costituiscono efficaci sorgenti di luce. L'interno è caratterizzato da otto colonne che seguono un percorso circolare creando due spazi concentrici con degli effetti chiaroscurali di particolare fascino; la parete circostante è scandita da nicchie che ne muovono lo sviluppo in un suggestivo gioco d'ombre esaltato da semicolonne su cui poggiano eleganti capitelli.
Il matroneo, il corpo superiore, presenta anch'esso otto colonne, sovrastanti quelle inferiori, che creano un corridoio circolare, il deambulatorio, che si affaccia sul vuoto centrale del corpo inferiore. Ci sono anche alcune tracce di affreschi, piuttosto degradati e un affresco, in particolare, raffigura un'Annunciazione ed è racchiuso in una mandorla che copre la parte interna della semicupola dell'absidiola. Dio, al centro e in posizione dominante, campeggia la scena, un dialogo fra l'Angelo e la Vergine.