Il complessivo restauro, iniziato con la progettazione nel 2006, è stato pianificato ed eseguito tramite una serie di interventi volti alla riqualificazione funzionale e tecnologica della ex chiesa del complesso monastico degli agostiniani, destinando l'edificio a spazio per manifestazioni culturali ed aula magna dell'Università degli Studi di Bergamo, con una capienza di 600 persone.

I cantieri di restauro che si sono susseguiti hanno riguardato la conservazione della facciata, realizzata in pietra arenaria e la sistemazione del manto di copertura (maggio 2010/ giugno 2011), la messa in sicurezza delle superfici intonacate ed affrescate (aprile 2007/maggio 2008) e due campagne di scavo archeologico interno all’aula (luglio 2007/ottobre 2010), propedeutiche all’adeguamento impiantistico (2014-2015), che ha dotato la chiesa di un impianto di riscaldamento a pannelli radianti posizionati a pavimento ed un sistema di trattamento dell’aria.

Nell’ambito di quest’ultimo intervento, realizzato grazie alla convenzione tra il Comune di Bergamo e l’Università degli Studi di Bergamo, la chiesa è stata infine completata con un sistema di illuminazione studiato appositamente in relazione all’architettura, un palco attrezzato, 504 sedute in pelle, uno schermo a scomparsa con risalita dal basso, cabine per la traduzione simultanea e un videoproiettore da 20.000 ansilumen.

Sebbene siano già state oggetto di intervento la sagrestia, la III campata nord e la I campata sud, rimangono da completarsi ancora i restauri di gran parte delle superfici intonacate ed affrescate.

Il 16 luglio 2018 sono iniziati ufficialmente i lavori di «Restauro degli affreschi dell'ex chiesa di Sant'Agostino, lato nord», che inserendosi nel più ampio programma di recupero della chiesa e usufruendo del finanziamento ottenuto con Art Bonus, prevedono il restauro conservativo degli affreschi, degli intonaci semplici o decorati, delle murature laterizie e lapidee delle superfici del lato interno settentrionale. La fine dei lavori è prevista per il 23 novembre 2018.

In dettaglio è previsto il restauro delle campate nord, dalla IV all’VIII, e la messa in sicurezza di alcune parti della I campata nord.

I criteri generali d’intervento che guidano l’intervento sono quelli propri del restauro conservativo, dove viene affidato all’architettura il ruolo di testimonianza specifica legata ad un tempo e, come tale, suscettibile di integrare la successione e la modificazione del proprio stato fisico e semantico nel procedere storico.