La struttura del programma si articola su 3 pilastri, Scienza di eccellenza, Leadership industriale e Sfide sociali, e 5 azioni trasversali.

I bandi di Horizon 2020 hanno due tipologie di approcci:

   bottom up:  il proponente è libero di presentare il proprio argomento di ricerca;
   top down: la Commissione Europea indica gli argomenti su cui fare ricerca.

Le priorità tematiche del primo pilastro sono prevalentemente bottom up, mentre le Societal Challenges hanno un approccio top down. Per quanto riguarda infine il secondo pilastro, presenta peculiarità sia bottom up che top down.

1. Scienza di eccellenza. Questa priorità eleverà il livello di eccellenza della base scientifica europea e garantirà una produzione costante di ricerca di livello mondiale per assicurare la competitività dell'Europa a lungo termine. Sosterrà le idee migliori, svilupperà i talenti in Europa, darà ai ricercatori accesso a infrastrutture di ricerca prioritarie e farà dell'Europa un luogo attraente per i migliori ricercatori del mondo.

2. Leadership industriale. Questa priorità intende fare dell'Europa un luogo più attraente per investire nella ricerca e nell'innovazione (compresa l'innovazione ecologica), promuovendo attività strutturate dalle aziende. Porterà grandi investimenti in tecnologie industriali essenziali, incentiverà il potenziale di crescita delle aziende europee fornendo loro livelli adeguati di finanziamento e aiuterà le PMI innovative a trasformarsi in imprese leader a livello mondiale.

3. Sfide sociali. Questa priorità rispecchia le priorità strategiche della strategia Europa 2020 e affronta grandi preoccupazioni condivise dai cittadini europei e di altri Paesi. Un approccio incentrato sulle sfide riunirà risorse e conoscenze provenienti da una molteplicità di settori, tecnologie e discipline, fra cui le scienze sociali e umanistiche. Si copriranno attività che spaziano dalla ricerca alla commercializzazione, incentrandosi su quelle connesse all'innovazione quali i progetti pilota, la dimostrazione, i banchi di prova e il sostegno agli appalti pubblici e all'adozione commerciale. Si istituiranno collegamenti con le attività dei partenariati europei per l'innovazione.

Il budget è prevalentemente allocato nei 3 pilastri: il 31% è destinato a Scienza di eccellenza, per un importo pari a € 24.441, il 22% a Leadership Industriale, per un totale di € 17.015 e il 38%, corrispondente a € 29.679, al terzo pilasto, Sfide sociali.

Il restante 9%, pari a € 7.496, viene ripartito tra le 5 azioni trasversali.

Il budget è stato recentemente modificato con il Regolamento 2015/2017, relativo al Fondo Europeo per gli Investimenti Strategici (FEIS).

Horizon 2020 è uno dei più grandi programmi di ricerca del mondo, finanziato con fondi pubblici: ha un budget stanziato pari a 77.028 miliardi di euro, cui si aggiunge 1,6 miliardi di euro circa per Euratom.

Tutte le informazioni relative alla partecipazione ai singoli bandi e alla gestione amministrativa dei progetti sono pubblicate nel portale Funding & Tenders opportunities.

Il documento-chiave per conoscere le opportunità di finanziamento offerte da Horizon 2020 è il Work Programme che viene pubblicato ogni 2 anni per ciascun programma/sfida sociale (tranne per ERC) e descrive le aree di ricerca e i bandi (Calls for proposals) che saranno aperti nei 2 anni successivi alla pubblicazione.

Attraverso il Manuale online H2020 è possibile  individuare tutte le tappe fondamentali per la preparazione e la sottomissione online della proposta e scaricare tutti i documenti ufficiali relativi al programma H2020 (Reference documents).